【通勤手当】マイカー通勤者の非課税限度額が11年ぶりに引き上げ！遡及適用に伴う実務対応を解説

令和7年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、自動車や自転車などで通勤する従業員（以下、マイカー通勤者）へ支給する「通勤手当」の非課税限度額が引き上げられました。

この改正は令和7年4月1日にさかのぼって適用されるため、令和7年分の年末調整業務で対応が必要となります。

非課税限度額の改正内容

今回の非課税限度額の引上げは、マイカー通勤者への通勤手当が対象であり、交通機関や有料道路で通勤する場合の非課税限度額に変更はありません。

マイカー通勤者に対する非課税限度額（1か月当たり）は、片道の通勤距離に応じて定められており、今回の改正では、次図のとおり「片道10km以上」の区分が増額改正されています。

この改正後の限度額は、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に適用されます。

例えば、3月分の通勤手当であっても、給与規程に従った支給日が4月1日以後であれば、改正後の限度額が適用されます。

実務上の注意点

今回の遡及適用により、企業の実務担当者は、主に「令和7年分の年末調整」と「中途退職者等への対応」で注意が必要です。

1. 年末調整での精算手続き

令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当で、改正前に既に支払われたものについて、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、令和7年の年末調整の際に精算することになります。

2. 中途退職者などへの対応

年の中途で退職した人や死亡退職した人、海外勤務により非居住者となった人など、年末調整計算の対象外となる従業員については、原則として確定申告によって税額の精算を行うことになります。

また、企業が中途退職者に対し、「給与所得の源泉徴収票」を交付済みの場合で、改正後の限度額適用によって新たに非課税となる金額があるときは、「支払金額」欄を訂正し、「摘要」欄に「再交付」と表示した源泉徴収票を作成して再度交付しなければなりません。

今回の非課税限度額の引上げは、特に片道10km以上のマイカー通勤者に利益をもたらす改正です。

令和7年4月1日から遡及適用されるため、課税通勤手当を支給している企業は該当者の有無を確認しましょう。

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